青年研究员

邮箱：chenli_imib@fudan.edu.cn

地址：上海市杨浦区湾谷科技园2期D3座1308室

个人简介

陈立博士2013年获北京大学化学学士学位，2019年获美国普林斯顿大学化学博士学位，2019-2020年于普林斯顿大学Lewis-Sigler Institute任博士后研究员，2020年底加入复旦大学代谢与整合生物学研究院，任青年研究员。

陈立博士从事代谢组学及代谢流的实验和生物信息学研究多年，主要工作成果包括：1）结合代谢组学实验原理与网络优化算法，提出了全局化标注非靶向代谢组学数据的新策略，为发现和标注新代谢物提供有力的工具（Nature Methods, 2021）；2）基于代谢组学和同位素示踪方法，揭示出细胞内新的叶酸和NADPH代谢通路的调节机制（Nature Metabolism, 2019）；3）借助蛋白结构和代谢组学的分析，揭示出受昼夜节律调控的蛋白Nocturnin的实际作用底物为NADP(H)，并纠正了此前十多年将Nocturnin认为是腺苷酸水解酶的认知（Nature Communication, 2019）。

主要研究方向

课题组研究以代谢核心，致力于开发代谢组学及代谢流新方法，并交叉融合分子生物学、质谱技术和多组学技术，结合大数据和生物信息学分析，以在人类代谢相关疾病的基础研究与临床转化中取得突破。主要研究方向包括：

• 基于代谢组学大数据的代谢通路研究，最大化的利用代谢组学中各代谢物的信息，实现更高效、准确的代谢通路分析；

• 稳定同位素示踪技术的代谢流方法开发，定量监测关键代谢反应通路的活性；

• 小分子辅酶因子（如NAD，叶酸，硫胺素等）在代谢通路中的作用机制研究，为代谢性疾病的发生和发展机制研究提供新思路。

本课题组竭诚欢迎对化学生物学、代谢生物学、质谱技术、生物信息学等感兴趣的同学报考研究生或参与本科生科研，并招收具有以上背景的优秀科研助理和博士后。我们将提供优越的学术训练环境并支持个人职业发展，期待你的加入。

代表性成果

1. Li Chen, Wenyun Lu, Lin Wang, Xi Xing, Ziyang Chen, Xin Teng, Xianfeng Zeng, Antonio D. Muscarella, Yihui Shen, Alexis Cowan, Melanie R. McReynolds, Brandon J. Kennedy, Ashley M. Lato, Shawn R. Campagna, Mona Singh, Joshua D. Rabinowitz. Metabolite discovery through global annotation of untargeted metabolomics data. Nat Methods. 2021, 18(11):1377–85.

2. Li Chen, Zhaoyue Zhang, Atsushi Hoshino, Henry D. Zheng, Michael Morley, Zoltan Arany, Joshua D. Rabinowitz. NADPH production by the oxidative pentose-phosphate pathway supports folate metabolism. Nature Metabolism. 2019, 1(3):404–15.    

3. Zhikun Jia, Qiongju Qiu, Ruiping He, Tianyu Zhou, Li Chen. Identification of Metabolite Interference Is Necessary for Accurate LC-MS Targeted Metabolomics Analysis. Anal Chem. 2023, 95(20):7985–92.

4. Michael A. Estrella#, Jin Du#, Li Chen#, Sneha Rath, Eliza Prangley, Alisha Chitrakar, Tsutomu Aoki, Paul Schedl, Joshua Rabinowitz*, Alexei Korennykh*. The metabolites NADP+ and NADPH are the targets of the circadian protein Nocturnin (Curled). Nature Communications. 2019, 10(1):2367.

5. Zhaoyue Zhang#, Li Chen#, Ling Liu, Xiaoyang Su*, Joshua D. Rabinowitz*. Chemical basis for deuterium labeling of fat and NADPH. J Am Chem Soc.2017, 139(41):14368−14371.

6. Cholsoon Jang, Li Chen, Joshua D. Rabinowitz. Metabolomics and Isotope Tracing. Cell. 2018, 173(4):822–37.